纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触似尖刀一样插进帝*当中的法则军团也赶到了，沈竹君、奉剑和拉娜瑟丝以及那两名逃兵被保护在法则军团的中间，而沈竹君显然是不再顾忌杀孽了，直接召唤出数只仙禽投入战斗，而且这些初具灵性的仙禽们专找那些空骑兵、军官和法师等有价值的目标下手，名副其实的所向披靡。了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。